Přímo do netfilteru a aktivních modulů jsi koukal? S GRE byl nějaký drobný zádrhel v jádře, tak aby to neměli v defaultu prostě zakázaný. Byť co jsem namátkou koukal, tak to nebylo.
A co se mi občas stává, bez závislosti na verzích - přestane přenášet ICMP a/nebo UDP (a to ještě asi ne úplně komplet). TCP i třeba ospf jede. Tak aby to nebyl podobné. Řeší to reboot.
Mimochodem UBNT má ve firmware i tcpdump. Lze diagnostikovat.