Doporučuju začít dualstackem - tzn. všechny prvky budou mít jak IPv4, tak IPv6 adresy.
U IPv6 proti NATované IPv4 si dej akorát pozor na nutnost definovat firewall, který se teď v NATovaných sítích moc neřeší. Nabízí se možnost na mikrotiku ve FORWARD pravidlech povolit spojení ven, ale dovnitř jen navázána + porty, které potřebuješ. Je to ale stejné jako bys měl postavenou IPv4 jen na veřejkách bez NATu.
No a pak jen stačí dodržovat jedno doporučení - jedna síť (vlana) = /64 IPv6, aby fungovaly auto konfigurační mechanismy.
Na přechod mezi 4 a 6 pak slouží NAT46 a NAT64 mechanismy, ale jestli s tím začínáš, tak doporučuju si to oťukovat na dualstacku a pak teprve řešit co dál.