Ideální řešení neexistuje, to by ho používali všichni a všechna ostatní řešení by záhy zanikla (pokud by je nějaká instituce nedotovala). Co se HW týče, je to přesně jak píše rsaf, jen s tím softwarem to není tak vyhraněné - osobně nad podobným serverem (jen v linux verzi) strávím podobný čas, základem je asi (pokud ti to bude někdo stavět) najít na převážně windows řešení někoho kdo dělá windows, na převážně linux řešení někoho kdo dělá linux, opačně (posadit rsafa k linuxu nebo mě k windows by asi nedopadlo dobře).
Co se toho linux řešení týče, není problém to nainstalovat - ty základní věci (viz. NTP) si ručně přidáváš jen, když si to coby fajnšmekr sestavuješ přesně podle sebe, ale to by ses neptal tady na fóru. Takže nainstaluješ RHEL/Debian (podle své volby, ani to ani ono není o nic složitější než ty windows), ale hlavně zapomeň na virtualbox, to je opravdu na desktop. KVM/QEMU řeší vše potřebné, je k tomu i klikací nástroj, který (pokud máš náhodou na linuxu i desktop) můžeš mít i u sebe, takže jen poklikáš a děláš s virtuálkami cokoliv jako kdyby běžely u tebe. Úplně nejjednodušší je nainstalovat ten Proxmox, tam si to nastavíš taky raz dva a pak všechno spravuješ přes webové rozhraní.
A v neposlední řadě je tu samozřejmě to už několikrát zmíné ESX / ESXi.