ŘEŠENÍ:
Pomohlo editovat soubor /etc/mysql/my.cnf a přidat tam:
[mysqld]
innodb_log_file_size=512M
innodb-buffer-pool-size=2G
Zápisy na disk najednou klesly na cca. 1 MB/s. Celé to byla moje chyba, protože tyto parametry jsem se snažil tunit ještě před dotazem tady, ale bohužel jsem to zapisoval do jiného konfiguračního souboru, na který Mysql, jak se zdá, nebral zřetel.
